Au Secondaire (-225 à –65MA)
Le jura au jurassiqueLa région est occupée par une mer peu profonde appelée Thethys.
Cette période est divisé en 3 systèmes : le Trias, le Jurassique et le Crétacé.Pistes de dinosaures de Coisia

Le jurassique
Le Jura est recouvert d’une mer chaude peu profonde, comme l’indique les fossiles retrouvés dans les dépôts de marnes et de calcaire.
Les dinosaures se déplaçaient au bord de cette mer, d’une île à l’autre en laissant la trace de leur pas sur les plages dont certaines se sont fossilisées.

Le crétacé
La mer se retire progressivement ; elle persiste localement dans de rares dépressions.
Le jura devient un terre émergée sur laquelle l’érosion commence son œuvre.

Au Tertiaire (-54 à –2MA)
Le jura au tertiaire : la poussée alpineLe Jura se soulève et les sédiments se plissent sous la poussée des Alpes.
Le Jura devient une succession de monts (anticlinaux), de vals (synclinaux) et de failles orientées NE/SW.Calotte glaciaire jurassienne au quaternaire
L’Ain coule dans un de ces synclinaux.

Au Quaternaire
Un climat glaciaire s’installe sur le Jura, qui se recouvre d’une calotte glaciaire.
Plusieurs langues glaciaires poussent devant elles des moraines frontales.

Varves au bord de l'Ain (photo Roland Cattenoz)En bordure du glacier dans plusieurs lacs, se déposaient des alluvions saisonnières (varves) marneuses formées par une alternance de couches claires et foncées.
Les eaux de fonte des glaciers forment des ruisseaux qui déposent leurs alluvions sous la forme d’un cône deltaïque bien représenté au niveau d’Orgelet.Le retrait par étapes du glacier jurassien

En se retirant, les glaciers abandonnent sur place des dépôts morainiques formés de sable et de pierre de tailles très différentes.

ErosionLa cluse de la Pyle
Une faille située au niveau de l’anticlinal de St Christophe a été élargie par le ruisseau sous-glaciaire au quaternaire ; c’est l’origine de la cluse de la Pyle.La caborne de Menouille

Tout un réseau karstique de grottes, de gouffres et de galeries se met en place.